Tahapan Evaluasi pada sistem penjaminan mutu UNHI dilakukan melalui kegiatan Audit Mutu Internal (AMI) yang dilaksanakan setiap tahun sebagai salah satu bagian siklus PPEPP. Untuk tahun 2019, kegiatan AMI UNHI dilaksanakan dari Tanggal 9 sampai 13 Desember 2019 yang dilakukan pada seluruh Program Studi mulai dari program Doktor, Magister, Prodi-Prodi S1 dan beberapa Unit lain di lingkungan UNHI. Pelaksanaan AMI ini melibatkan auditor internal UNHI yang langsung turun melakukan audit ke unit-unit sesuai dengan pembagian penugasan yang sebelumnya telah disepakati pada saat rapat penyamaan persepsi yang diselenggarakan oleh LPMU.
Seperti diketahui, Audit Mutu Internal (AMI) adalah proses pengujian yang sistematik, mandiri, dan terdokumentasi untuk memastikan pelaksanaan kegiatan di PT sesuai prosedur dan hasilnya telah sesuai dengan standar
untuk mencapai tujuan institusi. Audit Mutu Internal pada dasarnya adalah pencocokan kesesuaian antara pelaksanaan dengan perencanaan suatu kegiatan/program.
Pada proses AMI UNHI ini dilakukan kegiatan yang secara garis besarnya adalah memeriksa apakah standar yang telah ditetapkan dalam dokumen SPMI UNHI telah dipenuhi atau belum dan memastikan apakah ketentuan tersebut telah dilaksanakan secara tertib dan benar. Auditor mencatat dan memberikan masukkan-masukan sesuai dengan kondisi unit masing-masing.
Sebagai hasil dari proses pelaksanaan auditor membuat laporan audit yang mencakup beberapa hal seperti ; identitas teraudit, identitas auditor, tujuan audit, ruang lingkup audit, tanggal audit, daftar temuan audit, kategori temuan dan referensi, keunggulan institusi teraudit, kesimpulan dan lampiran audit. Laporan AMI ini akan dibahas dalam Rapat Tinjauan Manajemen (RTM) dalam upaya mendapatkan tindak lanjut untuk peningkatan pada siklus berikutnya.