Lembaga Penjaminan Mutu Universitas Hindu Indonesia merupakan unsur pelaksana universitas yang mempunyai tugas membantu pimpinan dalam penyusunan rencana dan tatalaksana pengembangan universitas untuk jangka panjang,menengah dan pendek serta melakukan evaluasi kegiatan penjaminan mutu dalam bidang akademik dan non akademik Universitas. Lembaga Penjaminan Mutu dipimpin oleh seorang Ketua yang bertanggung jawab kepada Rektor. Ketua dalam melaksanakan tugasnya dibantu oleh seorang Sekretaris.

Organisasi dan pejabat LPMU periode 2017-2022 adalah sebagai berikut :

Ketua                                        : Prof. Dr. Ir Euis Dewi Yuliana, M.Si.

Sekretaris                                : Dr. I Wayan Suija, M.Pd.

Divisi Akreditasi                     : Dr.Ni Putu Suwardani, M.Pd.

Divisi Pengembangan  dan Kelembagaan    : Dr.I Made Sumarya, M.Si.

Divisi Monitoring Evaluasi dan Audit            : I Wayan Artana, ST., MT.